蛋白质是由各种氨基酸组成的，蛋白质的营养价值实质上是氨基酸的营养价值。饲料中蛋白质在各种消化道中被消化，分解成氨基酸，才能被吸收，吸收后在鳗鱼体内再重新组成鳗鱼的体蛋白。饲料中各种氨基酸含量，正好都满足重新组成体蛋白需要的各种氨基酸量，是最理想的，称做氨基酸平衡。饲料中有些氨基酸含量不足，不能满足用量需要，可以由其他氨基酸转化或在鱼体内合成，这些氨基酸称做非必需氨基酸。但是有些氨基酸不能在鱼体内合成或合成速度很慢，不能满足重组的需要，必须由饲料中摄取，称做必需氨基酸。鱼类必需氨基酸有：亮氨酸、异亮氨酸、赖氨酸、蛋氨酸、色氨酸、苏氨酸、苯丙氨酸、缬氨酸、精氨酸、组氨酸共10种。各种必需氨基酸能达到理想的平衡，也就是说蛋白质中各种氨基酸的含量比例正适合鳗鱼的需要，利用率最高。如果不合适，只能以含量最低的一种的比例吸收，如果某种蛋白质中缺乏一种以上的必需氨基酸，这种蛋白质就不能被吸收利用。因此鱼类对各种来源的蛋白质的吸收率是不同的。
用作鱼饲料的蛋白质来源的原料，除考虑蛋白质种类及总含量外，还要考虑组成蛋白质的各种氨基酸的比例是否合适，某一种氨基酸含量不足时应予补充，添加游离单体氨基酸，或选择各种原料合适的配比，以提高蛋白质的利用率。例如苜蓿蛋白质中赖氨酸含量较多，为5.4%，蛋氨酸较少，为1.1%，而玉米的蛋白质中赖氨酸古量较少，为2.02%，蛋氨酸较多，为2.5%。若把两种原料混合加工成饲料，两种相互补充，可提高利用率。
